Спасибо за ответы. К окончательному выводу пока не пришел по поводу налога.
Наткнулся в инете на приличный с виду сайт, там обнаружил мнение вроде как знающего человека. см ниже. из увиденного можно подумать что срок исчисляется с первой доли.
--------------------------------------------------
Разные доли квартиры приобретены в разное время
Если несколько долей квартиры приобретены в разное время, но были объединены в единый объект собственности, то срок владения будет исчисляться с даты, когда собственник получил право собственности на первую долю в проданном имуществе (Письма ФНС России от 26.07.2016 №БС-4-11/13524@, Минфина России от 23.08.2016 №03-04-07/49241, от 13.01.2015 № 03-04-05/69528).
Пример: в 2011 году братья Морозовы А.К. и Н.К. приобрели в долевую собственность (по ½ доли) квартиру. В 2016 году Морозов А.К. продал свою долю (1/2) брату Морозову Н.К., в результате чего последний стал единоличным собственником всей квартиры. В 2018 году Морозов Н.К. продал квартиру. Срок владения квартирой на момент продажи составил более 3-х лет (так как он считается с момента приобретения первоначальной доли – с 2011 года.
Заметка: Если несколько долей квартиры приобретены в разное время, но каждая из долей зарегистрирована как отдельный объект недвижимости, то каждая доля рассматривается отдельным объектом имущества и для каждой доли высчитывается свой срок владения (Письмо Минфина России от 20.05.2014 N 03-04-05/23772).