Ни разу не работали с госструктурами с расчётами через аккредитив. Обычно они перечисляют деньги на счёт продавца после регистрации перехода права. Делаем договор с залогом.
Тут надо подробно выяснить что за программа покупки жилья, откуда финансирование, есть ли деньги под покупку, или только ожидается поступление. Мы так один раз попали с таможней: ждали денег полтора месяца вместо десяти дней.
С городом работал. Так и наличкой рассчитывались через ячейку. По разному бывает. Ваш случай не исключение. А сколько "грамотных" риелторов сейчас думаю рассказывать нет смысла.